Grottan i Melidoni ligger på den gamla vägen mellan Rethymnon och Heraklion. Den har varit bebodd mer eller mindre konstant ända sedan stenåldern, men har också spelat stor roll i de olika strider som har tagit plats på Kreta genom åren. Under den Minoiska civilisationen fungerade denna väldiga stengrotta som plats för tillbedjan och avgudan av den Stora Modergudinnan. Grottan var en viktig tillflyktsort för invånarna i Melidoni under det grekiska frihetskriget på 1800-talets Kreta.
Grottan i Melidoni är gratis att besöka och består av olika kammare. Man har utrustat den med gångvägar och trappor för att förenkla besöket för turister och en varm rekommendation är att man tar med sig en egen ficklampa när man ska besöka Melidonigrottan. Visst ser man även utan ficklampa, men besöket blir inte tillnärmelsevis lika tillfredsställande.